とこぷよのBGM「とことんあそぼう(SUNでの名称)」→「Play throughly the Puyopuyo」については、SUNのキーがそのまま使われている。
なお、初代ぷよぷよからのリメイク曲「THEME OF PUYOPUYO」→「時空を越えて久しぶり!」、「STICKER OF PUYOPUYO」→「Request from Puyopuyo」、「MORNING OF PUYOPUYO」→「Tokoton from Puyopuyo」はSFC版の音源がもとになっているが、「FINAL OF PUYOPUYO」→「プリンプに降臨!サタンさま」だけは例外としてキーが下がっている。
よ~んの「遺跡ステージ~トレジャーハンター?」→「Ruins Stage from Puyopuyo-n」はDC版を元にリメイクされたが、もともとよ~ん自体が機種間のキーの差があまりない。
今作のフィーバーBGMはGG・PC98版ぷよぷよOP「OPENING OF PUYOPUYO (GG PUYO OPENING)」(主旋律)とフィーバー1&2のフィーバーBGM(それぞれ副旋律、ベース)の3曲を合体したアレンジになっている。
15thや7で出会っていたキャラ同士は、今作では「お互い覚えている」「片方だけが覚えている」「初対面の反応」とバラバラである。なお、ぷよぷよ! The Medal Edition(以下メダル版と記述)限定で出会っていたキャラ同士は、全て「初対面の反応」になっている。以下は、「出会っていたはずなのに初対面の反応」の組み合わせ(ただし、「単に以前出会った事を忘れていた」「エコロ絡みの記憶が抜け落ちていた」可能性もある)。
「みんなで対戦!朝までぷよぷよ」「や・ば・い・で・す」「コンティニューする?」「ゲームオーバー!」は5作連続、「紅き叫びの波動!」は4作連続、「時空を越えて久しぶり!」「へっぽこ魔王最強伝説」「Request from Puyopuyo」「Last from Puyopuyo2」は3作連続収録、「Tokoton from Puyopuyo」は2作連続収録となる。なお、「紅き~」「へっぽこ~」「Request~」「Last~」の4曲は15thにも収録されたが、15thではWii版のみ収録。
第8話の漫才デモ(一部キャラは違う)もしくはエクストラ第3話と第7話で流れるBGM「ぷよ!!~ボス漫才(Demo from Puyopuyo)~」は、原曲(「TRY OUT」or「MEMORIES OF PUYO PUYO」)では2ループしてからサビに入る流れだったが、今回は1ループでサビに入るようになっている。(恐らくだが、漫才デモでサビに入るようにした為だと思われる。)ちなみにわくわくぷよぷよダンジョンの「それでもぷよぷよダンジョンは終わらない」の場合は、サビが存在しなかった。